有機農産物の認定生産行程管理者である長崎有機農業研究会（長崎県口之津町）への任意調査の結果、同研究会が有機ＪＡＳ規格に適合しない米に有機農産物の格付表示を付していたことが確認されたため、農林水産省は平成１７年５月１７日付けで同研究会に対し、ＪＡＳ法規定に基づく改善を命じた。
　ＪＡＳ法では農林水産大臣により登録された登録認定機関が農家や生産者組合を生産行程管理者として認定し、認定された農家・生産者組合が農産物のＪＡＳ規格への適合度を格付けし、ＪＡＳマークの貼付けを行うことになっている。
　長崎有機農業研究会は化学合成の土壌改良剤を使用したほ場で生産された１５年産米に有機農産物の格付表示をつけて販売していた。
　なお今回の農林水産省による具体的な改善命令は（１）原因を究明し、格付表示実施体制の見直しなど再発防止策を実施すること、（２）１７年６月１７日までに登録認定機関から改善措置実施について確認を受け、１７年６月２４日までに農林水産大臣あてに報告すること、（３）改善措置実施が登録認定機関の確認を受けるまでの期間中、格付業務を停止すること−−が主な内容。【農林水産省】