文部科学省は平成１８年９月８日、（独）産業技術総合研究所と国立大学法人琉球大学に対し、「カルタヘナ法」に違反した組換え生物の使用に対する再発防止策を徹底するよう文書で厳重注意を行った。
　カルタヘナ法では、実験室などの施設内で環境中への拡散防止策をとって組換え生物を使用する（同法の第２種使用に該当する）場合にも、その措置が適切かどうか、あらかじめ主務大臣の確認を受ける必要がある。
　産業技術総合研究所では、カルタヘナ法に関する認識不足から、組換えマウスを適切な拡散防止措置をとらずに使用していたことが１８年５月に明らかになり、（１）組換え実験の全関係者を対象にした定期的な教育訓練の開催、（２）法令遵守体制の強化・整備、（３）所内の巡視・点検活動整備と法令遵守に関する指導監督−といった再発防止策を１８年８月に文部科学省に提出していた。
　一方、琉球大学では、同じくカルタヘナ法に関する認識不足や学内体制の不十分さから、主務大臣の確認を受けずに組換えＨＩＶウイルスなどを９課題の研究で使用していたことが判明。１８年８月に（一）学内の安全委員会の体制強化と運営改善、（二）安全委員会の組織体制の周知と、関係者に対するカルタヘナ法についての講習会開催−−などを再発防止策として文部科学省に報告していた。
　なお文部科学省によると、両機関とも、実際には組換え生物に対する拡散防止措置がとられており、組換え生物の外部への拡散はなかったという。【文部科学省】