２００６／０７年の第２期南極海鯨類捕獲調査第２次調査の調査母船「日新丸（８，０３０トン、乗員１４８名）」で火災が発生し、調査機材などが著しく汚損されたことから、水産庁は今期同調査を中止すると０７年２月２８日に発表した。
　「日新丸」では、０７年２月１５日未明に船内工場から火災が発生。乗員を他の調査船に避難させた際に行方不明になっていた１名が死亡していたことが１７日に確認された。
　なお、今期の南極海鯨類捕獲調査船団に対しては、米国の環境保護団体シーシェパードが０７年２月８日から１４日まで、発煙筒や有害薬物を投げつけたり、船体にシーシェパード側の船を体当たりさせるなどの妨害行動を行っていたことが、（財）日本鯨類研究所と共同船舶（株）が０７年２月２８日に公表した抗議文などであきらかになっている。
　日新丸の火災と妨害行為の因果関係は、２８日時点では確認されていないが、日本に入港後、海上保安庁が火災の原因を特定するための調査を行う予定。【水産庁】