２００６／０７年の第２期南極海鯨類捕獲調査第２次調査に従事した調査母船「日新丸」、目視専門船「海幸丸」、目視採集船「第二勇新丸」、「第一京丸」、「勇新丸」が０７年３月２１日から２４日にかけて、東京港大井水産埠頭や、山口県下関市の下関サンセイ（株）下関工場に入港することになった。
　今期の南極海鯨類捕獲調査船団に関しては、米国の環境保護団体シーシェパードが発煙筒や有害薬物を投げつけたり、船体にシーシェパード側の船を体当たりさせるなどの妨害行動を行っていたことが、（財）日本鯨類研究所と共同船舶（株）が０７年２月２８日に公表した抗議文などであきらかになっている。また、０７年２月１５日未明には、調査母船「日新丸」の船内工場で火災が発生。調査機材などが著しく汚損されたことから、調査が中断された。　
　ただし、中断による未調査海域（第Ｖ区西側海域）以外は、当初の計画通りに調査が遂行されたと水産庁は説明しており、（１）調査海域内のクロミンククジラの資源水準が従来どおり高いこと、（２）調査実施海域のザトウクジラ・ナガスクジラの生物量が無視できないレベルに達しており、これらとミンククジラをあわせた３鯨種が南極海生態系の大消費者の位置にあると考えられること−−などを今回の調査の成果として公表した。
　なお、調査船団への妨害活動や日新丸の火災事故に関しては、捜査当局が入港後に調査を実施する予定であるため、今回の入港に際しては入港式を行わない。【水産庁】