国土交通省は全国一級河川１０９水系や湖沼計１，１１７地点で行った平成１８年１年間の水質調査結果をとりまとめ、１９年８月２１日に発表した。
　このうち有機汚濁についての調査では、有機汚濁の代表的な水質指標であるＢＯＤ（河川の基準）やＣＯＤ（湖沼の基準）の環境基準値を満足している地点の割合が８７％にのぼり、過去最高を記録した１５～１７年度の８８％と同程度を維持したことがあきらかにされた。
　ＢＯＤ平均値が最も良好だったのは、北海道の尻別川、後志利別川（しりべしとしべつがわ）、鵡川（むかわ）、沙流川（さるがわ）、北陸の黒部川、中部の安倍川、宮川、中国の高津川、九州の川辺川の９河川でＢＯＤ平均値はいずれも１リットルあたり０．５ミリグラム。
　一方、ＢＯＤ平均値のワースト３となったのは、近畿の大和川（ＢＯＤ平均値：１リットルあたり４．７ミリグラム）、関東の綾瀬川（同：１リットルあたり４．６ミリグラム）、鶴見川（同：１リットルあたり４．３ミリグラム）だったが、ＢＯＤ値の１０年間の改善幅で見ると、１リットルあたり５．１ミリグラム減の綾瀬川、４．８ミリグラム減の大和川、３．４ミリグラム減の鶴見川はいずれもベスト３だった（注１）。
　またダイオキシン類については、水質環境基準を満足した調査地点の割合は９８％で、底質については全調査地点が環境基準を満足していた。
　なお１７年に続き、「人と河川の豊かなふれあい」、「豊かな生態系」などの新指標に基づき、住民との協働による水質調査を全国規模で実施したが、その結果では、「人と河川の豊かなふれあい」について最高のＡランクと評価された地点は約１７％（３０２地点中５１地点）、「豊かな生態系」でＡランクと評価された地点は約５９％（３０３地点中１８０地点）となっていた。【国土交通省】

（注１）いずれも平成７、８年のＢＯＤ平均値と１７、１８年のＢＯＤ平均値の差。