平成１３年１２月１１日、東京湾・伊勢湾・瀬戸内海の３水域での化学的酸素要求量（ＣＯＤ）と窒素・りん含有量についての「総量削減基本方針」が公害対策会議の審議を経て、環境大臣により策定された。
　「総量削減基本方針」は、人口・産業が集中し、汚濁が著しい広域的閉鎖性海域で、工場排水や生活排水などの汚濁発生源全体からの汚濁負荷量について、具体的な削減目標量や目標年度を定め、「水質総量規制制度」の根幹をなすものであるが、これまではＣＯＤのみを対象にしていた。
　今回の第５次水質総量規制では、対象水域でのＣＯＤの数値がほぼ横ばいであるのに加え、窒素・りんによる赤潮が発生している状況であることを考慮し、ＣＯＤ・窒素・りんを含めた総量削減基本方針を新たに策定することとなった。
　なお、新「総量削減基本方針」は、平成１６年度を目標年度とし、対象３水域全体の平成１６年度時点の数値を、平成１１年度比でＣＯＤ９３％、窒素含有量９６％、りん含有量９３％まで削減することを目指している。
　更に、削減方法としては（１）下水道などの生活排水処理施設整備、（２）工場・事業場に対する総量規制基準の適切な運用、（３）環境保全型農業の推進、合流式下水道の改善などがあげられている。【環境省】