環境省は開発事業などに伴い消滅する藻場を代償措置（注１）として復元する場合に配慮事項をまとめ、平成１６年３月３０日に公表した。
　この「配慮事項」はさまざまな藻場のタイプのうち、沿岸の浅海底に分布するアマモなどの海草藻場を主対象にし策定されたもの。
　藻場の現状、藻場の構造と機能、藻場復元の定義や意義を説明するとともに、（１）回避・低減策の優先、（２）保全方針に含まれるべき内容、（３）合意形成に向けての情報・意見交換の実施、（４）専門家の関与、（５）復元検討の経緯や技術情報の公開、（６）復元目標に含まれるべき内容、（７）実施場所の選定要件、（８）方法・技術の選定要件、（９）モニタリング・維持管理計画に含まれるべき内容、（１０）復元計画策定終了時の実施計画書の完成と実現性の再確認、（１１）実施段階での配慮内容（１２）計画に沿ったモニタリング・維持管理の実施、（１３）客観的評価の実施−−など藻場復元に関する１３項目の留意事項を示している。
　なお配慮事項１としては、環境への影響を「回避」または「低減」することが可能な場合は復元措置より回避・低減策を優先することがあげられている。

（注１）損なわれる環境要素の価値を補う措置。米国ＮＥＰＡ（国家環境政策法）でも「ミティゲーション（環境影響緩和措置）」のうち、事業を実行しない「回避措置」、開発行為の環境影響を最小限に抑える「低減措置」を十分に行えない場合に初めて代償措置を実施すべきとしている。 【環境省】