国土交通省の「東京湾河口干潟保全検討会」は平成１３年からの３年にわたる検討の成果を「東京湾河口干潟保全再生検討報告書」としてとりまとめ、平成１６年５月７日付けで公表した。
　検討会は東京湾の河川と河口部の干潟の関係を考察するために、３年間にわたり江戸川放水路と三番瀬を観測した。
　江戸川放水路から三番瀬には通常は河川水は流入していないが、洪水などで江戸川最下流に設けられた行徳可動堰が開放された時には、三番瀬に河川水が流入する。今回は行徳可動堰開放時およびその後の水質の挙動、底質の変化、流入土砂量のデータを蓄積したほか、生物の分布状況の把握にも努めた。
　報告書によればこの観測の結果、行徳可動堰開放後にある程度の波浪がない場合、三番瀬で淡水と海水が混じり合わずに層になる状態が形成され、下層が貧酸素状態になるといった、江戸川放水路と三番瀬の関係がある程度解明されたという。
　報告書はさらに、三番瀬保全の課題や東京湾河口干潟保全の方向性に触れており、三番瀬については過去の埋立地造成の際に土砂を採取した跡地（深掘れ地）の解消、老朽化した直立護岸の改善、淡水導入や安定した土砂供給などが今後の課題としてまとめられ、一方、東京湾河口干潟の保全の方向性としては、海底地形の修復、汽水域や後背湿地の形成、土砂動態の把握などが重要であるとされた。【国土交通省】