農林水産省は平成１６年５月１８日、土地改良事業についての「環境との調和に配慮した事業実施のための調査計画・設計の手引き」第３編の作成案への意見募集結果と意見を踏まえてまとめられた最終報告を公表した。
　この「手引き」は１３年６月に公布された土地改良法の改正で、土地改良事業の実施の原則に「環境との調和への配慮」が位置付けられたことを受け、土地改良事業の中で実施する環境についての調査、計画、設計の内容が、自然環境と調和したものになるよう基本的な考え方や枠組みをまとめたもの。１４年２月に公表された第１編では水路を中心に、１５年３月公表の第２編はため池、農道、移入種をテーマとしてまとめられたが、第３編は水田・畑のほ場整備がテーマとなっている。
　なお意見募集期間中に寄せられた意見は３６通。１通に複数意見が含まれているケースを整理したのべ意見数は２１６件にのぼった。
　意見には例えば「ほ場整備の特徴は１９６１年制定の農業基本法に依拠する考え方で、これを前提に手引きを検討することには限界がある」といった内容があり、この意見に対して農林水産省としては「意見を踏まえ、『環境に配慮したほ場整備の考え方』の項目で環境への配慮の基本的な考え方について整理した」としている。
　また、「用排分離が水田の生物多様性に与える影響とは大きいので、より詳細に説明するべき」「創設換地によって簡単にビオトープ用地が生み出されると誤解されかねない記述があるので、どの創設換地手法を採用したかなどを明示したほうがよい」といったさまざまな意見を汲み、手引きの随所で文章の修正がされたことが示されている。【農林水産省】